De stoepa van Swayambhunath is het oudste heiligdom in de vallei van Kathmandu. Evenals de stoepa van Bodhnath werd ook deze stoepa in 1349 door Shamsuddin Ilyas vernield. De huidige basisvorm ontstond tijdens de wederopbouw, die snel na de vernieling aanving. Koning Pratap Malla heeft in de 17de eeuw de voornaamste toevoegingen aangebracht.