Al establecer las cabeceras, identificadas como capitales de control de los barrios o estancias, se mantuvo la figura del tlatoani como autoridad, dichas cabeceras eran sede del gobierno indígena y residencia de la nobleza, centro de recaudación de tributos y reclutamiento de mano de obra del trabajo agrícola, minero y artesanal.

La encomienda estaba representada por el encomendero, a quien se le asignaban grupos indígenas para evangelizar y recibir tributo en especie o trabajo. Hernán Cortés otrorgó a Culhuacan en encomienda a Cristóbal de Oñate. Es probable que esta encomienda continuara por tres o cuatro generaciones en la misma familia.

Con las nuevas leyes de 1542 el Corregimiento fue el organismo que transmitía la organización del gobierno español a la Nueva España y ejecutaba las leyes, normas y mandatos de la política oficial. Los indios quedaron bajo el control directo de la Corona a través de los oficiales llamados Corregidores.