Fue edificada por temporadas a partir de 1575. Para 1640, la construcción se levantó hasta medios muros y fue una pena que se interrumpiera la obra; en este mismo año la tomó por su cuenta el obispo Juan de Palafox y Mendoza, quien en ocho años y ocho meses de intensos trabajos concluyó la parte fundamental.
Faltándole las portadas y las torres, Palafox la consagró el 18 de abril de 1649. Las obras continuaron durante los siglos XVII y XVIII.