Segundo filho varão de D. João VI e de D. Carlota Joaquina, a morte de seu irmão primogénito, D. António, encaminhou-o para a herança da coroa de Portugal.
A sua infância decorreria em ambiente carregado, entre o instável ambiente familiar e os acontecimentos sociais e políticos, desde os ecos da Revolução Francesa, às ameaças napoleónicas, culminando pela fuga da corte para o Brasil perante as invasões francesas (1807). Contava então 9 anos de idade e a sua educação decorreu à rédea solta, sem estudos sistemáticos. Sofria de epilepsia, elemento de grande importância a considerar na compreensão da sua personalidade. Educado sem «luzes excessivas», os anos depressa lhe atribuem funções cada vez mais elevadas.
No Brasil casou com a arquiduquesa Leopoldina de Áustria, de quem teve dois filhos: D. Maria da Glória (1819) e D. Pedro (1825). A partir da revolução liberal portuguesa de 1820, os acontecimentos, quer no Brasil quer em Portugal, atropelam-se em ritmo acelerante para o feitio de D. João VI; por intimativas de Lisboa, nomeia regente do Brasil seu filho D. Pedro (devido à agitação popular no Rio, Pará e na Baía, de inspiração liberal) e volta a Portugal. Aqui, as Cortes Gerais, preocupadas com os acontecimentos brasileiros e a ascendência a reino da antiga colónia, pensam mandar o infante D. Pedro em viagem pela Europa. Mas antes que o regente do Brasil tomasse conhecimento, escreve ele a seu pai acerca das ideias de independência que alastravam no Brasil, e das quais D. Pedro viria a ser uma pedra fundamental: com efeito, a independência cobrir-se-ia com D. Pedro que, a dada altura, se teria convencido que em vez de movido, era o motor dos acontecimentos.
