Katedralin ana nefinde (resimde görülen koro bölümünün ön sağ ve sol taraflarında) karşılıklı olarak yerleştirilmiş iki büyük org kasası bulunur. Bu iki kasanın içindeki mekanizmalar, 1901-1903 yıllarında Basklı usta Aquilino Amezua tarafından geliştirilen bir sistemiyle tek bir merkezi konsola bağlanmıştır.
Org, yaklaşık 7.000 adet boru (pipo), dört klavye ve bir pedal takımından sahiptir.
Mevcut org 20. yüzyılın başında, 1 Ağustos 1888'deki büyük depremde katedralin orta tonozunun çökmesiyle dağılan eski orgun yerine konmuştur. Orgu çevreleyen ahşap kasalar 18. yüzyıldan kalmadır.
Org, 1996 yılında dünyaca ünlü org ustası Gerhard Grenzing tarafından titiz bir restorasyondan geçirilmiştir. Bu çalışma sayesinde enstrümana geleneksel İspanyol Barok tınıları ("Tiento" stili) yeniden kazandırılmıştır.