1581-1618 yılları arasında, eski El Hamra Ulu Camii'nin bulunduğu alan üzerine inşa edilmiştir.
V. Carlos Sarayı'nın hemen yakınında, ağaçlar ve bahçeler arasındadır.
Cami, Nasrî Hanedanı döneminde Sultan III. Muhammed’in hükümdarlığı sırasında (1308) inşa edilmiştir.
Saray kompleksinin kalbindeki "Medine" (yani şehir) adı verilen sivil yerleşim bölgesinde yer alıyordu. Elhamra'da yaşayan asiller, askerler ve zanaatkarlar için cuma camisi olarak hizmet vermekteydi.
Dönemin tarihçilerinin aktardığına göre, cami oldukça görkemli bir mimariye, işlemeli sütunlara ve zengin süslemelere sahipti. Caminin hemen bitişiğinde geleneksel bir hamam da yer almaktaydı.
1492 yılında Granada'nın Katolik Krallar tarafından fethedilmesiyle birlikte cami ilk olarak kiliseye dönüştürülmüştür.
16. yüzyılın sonlarına doğru, eskiyen cami yapısı tamamen yıkılmış ve mimar Juan de Herrera ile Ambrosio Vico'nun tasarımlarıyla bugünkü Santa María Kilisesi inşa edilmiştir.
Caminin özgün sütunlarından bazıları ve temel yapı taşları yeni kilisenin inşasında kullanılmıştır.