Sinds 1530 is Amsterdam een centrum van doopsgezinde activiteiten. Aanvankelijk komt men bijeen in huizen van particulieren. Al de doopsgezinden in het begin van de 17e eeuw door de publieke kerk (de calvinisten) min of meer getolereerd worden nemen de doopsgezinden de eerste kerkgebouwen ook wel vermaningen genaamd in gebruik. In 1607 koopt Harem Hendriksz. Van Warendorp een ‘ledig erf op de Coninxgraft, meestal Cingel geheten’ Op deze plaats laat hij onder meer een schuur zetten, die als vergaderplaats moet dienen voor de Vlaamse doopsgezinden. Naar de nabijgelegen brouwerij met een lam in de gevel, wordt deze plaats van samenkomst van de gemeente ‘Bij het lam’ genoemd. In 1639 wordt een grotere kerk gebouwd met de omvang van het huidige gebouw, iets meer in de richting van de Herengracht. Twee eeuwen later in 1839 krijgt het dak zijn huidige vorm. De kerk is een prachtig voorbeeld van een zogenaamde schuilkerk: een kerk die vanaf de straat niet als zodanig herkenbaar is.