Behorend tot de mooiste orgels van Nederland bevat het pijpwerk uit de 16e eeuw. In 1621 worden ingrijpende veranderingen aangebracht. Sindsdien staat op de grote orgelkas het jaartal 'Anno 1621'. Het orgel is toen gekeurd door o.a. Jan Pieterz Sweelinck in september 1621, in oktober stierf hij. In 1798 krijgt orgelbouwer H.H.Freytag opdracht om het oude rugwerk door een geheel nieuw te vervangen. Dat is uitgevoerd in Empirestijl. De laatste restauratie vindt plaats in 1988-1990 door de Firma Flentrop uit Zaandam.
De toonhoogte op A is 450- Hz. Dit geeft problemen bij samenspel met moderne instrumenten die 440 Hz. als grondtoon aanhouden. Voor zulk samenspel staat elders in de kerk een kleiner, maar goed bruikbaar, orgel (foto Enkhuizen, prot gem Zuiderkerk orgel klein 0356). Het gordijn dat rondom het orgel gedrapeerd lijkt dateert mogelijk van voor 1799 en is een beschilderd doek van grof linnen.
![Enkhuizen, prot gem Zuiderkerk orgel 0316 [011], 2014.jpg](https://a4.pbase.com/t9/62/794562/4/157000941.947127fy.jpg)