Época Colonial
El asentamiento indígena antes de la conquista era de indios Chichimecas y Otomíes. A la llegada de los españoles a la región, éstos establecieron una alianza con el cacicazgo Otomí de Xilotepec para que coadyuvaran en la conquista y poblamiento de los territorios que se encontraban al Norte de donde tenían asentados sus reales los caciques Otomíes. Las fundaciones comenzaron desde San Jerónimo Aculco, San Miguel Canvayn, Alfaxaxuca, Santiago Tecozautla, Gueychiapa, San Juan del Río, Santa María Tequisquiapan y San Juan de los Xarros. Estos pueblos “en tiempos de la gentilidad se encontraban poblados de naturales, los cuales fueron evangelizados por los misioneros españoles, ayudados en todo por los caciques Otomíes”.3

La fundación de Tequisquiapan se dio en forma pacífica. Los indios Chichimecas que eran los menos, convivían en paz con los Otomíes que representaban la mayoría; lo que ayudó a que se viviera con relativa tranquilidad. Sin embargo, en otros lugares no lejanos a Tequisquiapan seguía la resistencia Chichimeca, siendo hasta doscientos años después, con la caída del último baluarte de la resistencia indígena en la famosa batalla del cerro de la Media Luna de la Sierra Gorda Queretana, cuando el General Escandón acabó con la resistencia Chichimeca Pame en la región.

Tras la pacificación de la región y luego del repartimiento de tierras entre españoles y otomíes evangelizados, por espacio de tres siglos en el territorio hubo un intenso desarrollo agrícola y pecuario en ranchos y haciendas. Como contraparte los cronistas y los testimonios documentales consignan que creció el malestar y las inconformidades principalmente entre la población indígena, que además de despojos y humillaciones era objeto de explotación.

Con estos antecedentes, durante el siglo XIX y con motivo de la Guerra de Independencia, en Tequisquiapan se registró una serie de sublevaciones en las haciendas. En realidad, la población indígena que vivía como peón y sujeta a tiendas de raya tenía razones suficientes para levantarse, más a raíz de que surgieron algunos caudillos insurgentes en la región.

De la Independencia, de la Reforma, de la Intervención Francesa y del Porfiriato los cronistas transmiten muy poca información sobre sus repercusiones en Tequisquiapan. Sobre la Revolución de 1910, lo que se consigna es que por este lugar transitaron ejércitos villistas, carrancistas y obregonistas, sin que se haya registrado alguna batalla en el territorio municipal. Al paso de dichos ejércitos, el temor de las familias se dio por los abusos cometidos a través del saqueo y robo de animales para las tropas, así como por la leva que se llevó a cabo con o sin consentimiento de hombres y mujeres. Más allá de eso, no se registran hechos históricos o personajes de relevancia que pudieran haber participado en este movimiento.

Posterior a esa coyuntura histórica revolucionaria, se anota un hecho trascendente registrado en 1920 como consecuencia de la efervescencia e inestabilidad política que se vivía en la capital del Estado de Querétaro; lo cual ocasionó que se cambiaran los poderes del Estado en forma provisional a Tequisquiapan.

En cuanto a la evolución de la vida político – administrativa del municipio, lo que se consigna es que durante el Virreinato en 1861, alcanzó la calidad de Partido bajo el nombre de Santa María de la Asunción de Tequisquiapan, y por decreto del Congreso del Estado cambió de categoría y nombre, pasando a ser la Villa Mateus de Tequisquiapan. Luego la demarcación adquirió la calidad de municipio libre y autónomo en 1939.