Municipio del departamento de Santa Rosa. Se encuentra ubicado en la parte norte del departamento, su extension territorial es de 84 km2. Dista de la cabecera departamental Cuilapa 55 km. Las coordenadas de localizacion del centro urbano son: latitud 14° 28’ 28” N; longitud, 90º 10’ 52” O y 1,330 MSNM. Celebra su feria en honor a San Rafael Arcangel el 14 de octubre.
Creado por Acuerdo Gubernativo del 2 de marzo de 1860. En su territorio se cultiva trigo y cereales, se elabora panela y existen varios aserraderos. En el campo de las artesanias, se destacan la produccion de alfareria, jarcia, petates de tule y materiales de construccion.
La cabecera municipal de San Rafael las Flores, es la mas cercana a la Laguna de Ayarza la cual es compartida con el municipio de Casillas.