1874年日軍入侵恆春,直攻石門牡丹社,造成牡丹社事件.清廷派船政大臣沈葆楨來台加強海防,乃先後派准軍統領唐定奎,副將王福祿主持,聘英籍哈務德(J.W.Harwood)四品總教習督造,於1875年在旗後山上興建一座中西合璧的砲台,於次年完工.
砲台分三區:北區為兵房;中區為指揮區;南區為彈藥庫,其上安置四門6.5公噸英製阿姆斯壯前膛砲.旗後砲台正門為中國式建築風格的八字牆,而門牆兩邊用磚砌的”囍”字為其特色.
1895年日艦”吉野”號率”秋津州”等艦於旗後外海砲擊,擊毀旗後砲台門額.日治末期,大砲被拆走及熔毀,旗後砲臺成為斷垣殘壁.
1945年二戰後,國軍於砲臺及燈塔之間另築碉堡.
1985年內政部公告旗後砲台為二級古蹟,目前為市定古蹟.
1991年高雄市政府進行修復,並於1995年1月1日開放參觀.