1875年由馬偕博士所建造的寓所,此屋亦是他開拓宣教的重要基地,直到1901年馬偕博士病逝為止.
馬偕博士逝世後,華羅德牧師和宋雅各醫師等宣教師曾在此短暫居住.
1912年馬偕博士獨子偕叡廉先生回台創辦"淡江中學",再度以此故居作為校長寓所,直至1941年才因戰爭返國.
馬偕古厝在二次大戰時教會曾設"安樂家"以收留失依婦女.戰後偕叡廉先生再度回淡水居住於此直至1952年.
1965年真理大學創校後輾轉成為圖書館,實習旅館和學人招待所.