Naast de overwegend katholieke gemeente op ons eiland heeft er ook sinds begin 19e eeuw een protestantse gemeente bestaan: die werd in 1822 gesticht. Nog voor het eerste kerkje werd gebouwd, was er al in 1821 een leraar aan de gouvernementsschool aangesteld als godsdienstleraar van de protestantse gemeente. Klaas van Eeckhout verzorgde ook kerkdiensten ten huize van vooraanstaande leden van de gemeente, Eman en Specht, en kort daarna ook in de school. In 1844 werd het huis van de familie Arends aan de Wilhelminastraat gekocht voor tweehonderdvijfig gulden om als kerklokaal te dienen. Maar omdat het pand te klein en te bouwvallig was werd er al snel besloten tot afbraak en tot bouw van een nieuwe kerk ter plaatse. Dat gebeurde in 1845. Op de fundamenten van het oude huis verrees de nieuwe kerk, waarbij de muren werden opgetrokken met stenen van het afgebroken huis. Om kalk te maken voor het pleisteren en verven, werd er een kalkoven bij Fort Zoutman neergezet. Er werd ook een klok aangeschaft maar die overleefde het transport niet. Met tussenkomst van commandeur Jacob Jarman werd er een nieuw uurwerk uit Coro betrokken. Omdat er aanvankelijk nog geen toren was, werd de klok in een klokkenstoel op het dak van de kerk geplaatst. Het kreeg de bijnaam ‘de duiventil’. 
Het geld dat voor de bouw van de kerk nodig was, werd uit collectes opgebracht, voornamelijk uit Curaçao (ruim 2000 gulden), waar de protestantse gemeente veel groter was. Todat er een eigen predikant werd aangesteld, maakte Aruba deel uit van de protestantse gemeente van Curaçao. Op Aruba telde de gemeente in 1846 ongeveer 180 leden. Het bedehuis werd in februari 1846 door ds. Meyer van Curaçao ingewijd. De bouwkosten van de kerk bedroegen 3087 gulden; de werklieden verdienden tussen de 0,75 (timmerlieden) en 1,50 gulden (de hoofdmetselaar) per dag. Enkele kinderen die meehielpen verdienden 5 cent per dag. Aldus de kerkarchieven, die bewaard werden in de huidige grote protestantse kerk en nu zijn overgedragen aan het Nationaal Archief. 
Omdat de kustlijn destijds veel dichterbij liep, werd de nieuwe kerk bekend als ‘De kerk aan de Baay’. De eerste predikant die werd aangesteld was ds. Nicolaas Kuiperi, in 1858. In 1867 werd, naar ontwerp van gezaghebber Ferguson, de toren erbij gebouwd. Pas in 1886 werd tijdens een restauratie waarbij ook de muren van het gebouw werden verhoogd, het pannendak aangebracht. De klok werd daar toen in geplaatst en de ‘duiventil’ weer naar beneden gehaald. In 1887 werd het orgelbalkon gebouwd en in 1910 het portiek aan de straatkant, om ‘hinderlijk binnenkijken te beletten’, aldus ds. Eybers, die het portiek op eigen kosten liet bouwen. De banken die er in stonden waren door ds. A. van den Doel, predikant op Aruba van 1984 tot zijn dood in 2001, vanuit een Nederlandse kerk overgebracht. Ook de stoelen, de preekstoel, het doophek, de balustrade langs het balkon en de lijsten om de wandborden, zowel het orgel als de luchters als de huidige dakpannen zijn uit Nederland afkomstig. Het kerkgebouw heeft tot 1950 dienstgedaan, toen werd de pas daarnaast gelegen nieuwe protestantse kerk in gebruik genomen. Daarvoor moest het voormalige woonhuis van dr. Horacio Oduber worden afgebroken. Daar staat nu de toren en de ingang van de grote nieuwe kerk.
Omdat voor de bouw zoals destijds gebruikelijk koraalsteen werd gebruikt en kalk werd gewonnen uit dezelfde soort steen, heeft, net als alle historische gebouwen hier, deze kerk veel last van zgn. zoutuitbloei. Het in de steen en kalk aanwezige zout en vocht blijft eeuwen lang naar buiten komen, waarbij de kalk en pleisterwerk steeds weer gaan bladderen en het pleisterwerk vernield wordt. Opnieuw pleisteren en witkalken moest dan ook regelmatig gebeuren. Grotere restauraties zijn in de afgelopen 50 jaar enkele malen gebeurd. De restauratie van 1977 werd slecht uitgevoerd en de toren werd daarin niet meegenomen. De balken bleken daarna ook aangetast. In 1988-1994 werd onder leiding van ds. Van den Doel