Yerli asil çocuklarının egitim gördüğü bir Aztek okulunun bulunduğu yerde, gene aynı çocuklara hristiyanlık eğitimi vermek için 1535 yılında Fransisken rahipler tarafından yapılan "Colegio de Santa Cruz" adındaki okul ve yanında küçük bir şapel, 17.yüzyılda Barok tarzı bu kiliseye dönüştürüldü.

Meksika Devrimi sırasında bir demiryolu şirketinin patlayıcı deposu olarak kullanıldı.

1948 yılında restore edilerek tekrar kilise olarak kullanılmaya başlandı.