In de transept, na binnenkomst van de Dam links, is dit een orgel met een complexe geschiedenis. De hoofdkast wordt toegeschreven aan De Swart en gedateerd rond 1570. Latere elementen zijn van 1651. De collectie pijpen is in de loop der eeuwen zeer vaak aangepast. In 1663 is onder Jacobus van Hagerbeer al een aanpassing doorgevoerd. Er volgden verscheidene restauraties. Een in 1948 uitgevoerde herbouw beoogde het 16e eeuwse orgel te doen herleven, maar bracht daarentegen schade aan in het oude bestand. In 1959 werd het orgel gedemonteerd, in 1989 gereconstrueerd.