Gitschenen liegt im Westen der Gemeinde Isenthal auf einer Sonnenterrasse. Die Alp ist nur zu Fuss oder über eine Luftseilbahn erreichbar. Das Gebiet grenzt an die Kantone Obwalden und Nidwalden. Der ganzjährig bewohnte Teil liegt auf einer Höhe von rund 1550 m ü. M.

Auf den trockenen Magerwiesen, den Flachmooren, den Alpweiden, am Bach und im Wald von Gitschenen gibt es eine enorme Artenvielfalt auf kleinem Raum, sowohl bei Pflanzen als auch bei Tieren.
An den Hängen des Kaiserstuhls und des Schwalmis wurde auch die mikroendemische Art einer Haarschnecke gefunden (Trocholus Biconicus).