Na de bouw in 1841 van een grote kerk voor de Rooms Katholieke gemeente aan het Amsterdamse Waterlooplein werd het oude orgel uit de schuilkerk, gebouwd in 1772 door Johannes Petrus Hilgers, in dit gebouw geplaatst, na wijzigingen door Leonard van der Brink. In 1871 voltooiden de gebroeders Adema een groot frans-georiënteerd orgel. Van het oude orgel werden zes stemmen (deels) opnieuw gebruikt. Als adviseur bij de bouw trad de franse vice-consul Charles-Marie Philbert op. Op 30 april 1871 speelde Alphonse Mailly uit Brussel het inwijdingsconcert. Op het orgel speelden later ook Camille Saint-Saëns en Charles-Marie Widor.
In 1878 verving men een deel van de tongwerken door pijpwerk van Franse makelij. In 1887 voerde Philbert een uitbreiding uit met vier stemmen. Ook werden in dat jaar de beide zijvelden aan het front gemaakt.
In 1954 voegde Hubert Schreurs de Cymbale toe.