Em 1378, com o Grande Cisma do Ocidente que opõe ao papa de Roma o papa de Avinhão, D. Fernando envolve-se em nova guerra com Castela. A Inglaterra tomou partido por Roma, a França por Avinhão. D. Fernando que oscilou entre um a outro papa, solicitado pela aliança com a Inglaterra, quebrada a paz com Castela recomeçam as escaramuças de um a outro lado da fronteira do Alentejo, sem que de ambos os lados se faça qualquer esforço para uma batalha decisiva que ninguém desejava. Em agosto estabelecem-se negociações sem conhecimento da Inglaterra.
Estas três guerras custaram a Portugal o preço de três derrotas e de três tratados de paz com cláusulas de vencido. Contudo, durante os períodos de paz, D. Fernando mostrou-se hábil com a sua política interna. São de salientar as suas medidas de fomento, como reparações de muitos castelos, a construção da nova muralha de Lisboa a do Porto, a criação do cargo de condestável, renovações de armamento, a promulgação da lei das Sesmarias, para defesa da agricultura, defesa da marinha mercante, numa série de medidas de grande alcance, o grande impulso dado à Universidade que foi transferida para Lisboa, além de outras que o revelaram como um rei de excelente visão administrativa.
