Consciente da importância das forças que ameaçavam o seu poder este concentrou os seus esforços em dois planos: Negociações junto da Santa Sé com um duplo objetivo: alcançar a plena autonomia da Igreja portuguesa e o reconhecimento do Reino.
Os passos mais importantes foram os seguintes:
- Fundação do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, em 1131, diretamente subordinada à cúria romana – fundação que propiciou a reunião das dioceses portuguesas à metrópole de Braga;
- Declaração de vassalagem por parte de D. Afonso Henriques à Santa Sé em 1143 – em virtude de uma nova fase da sua política iniciada com o use do título de rei;
- Obtenção da bula de 1179, na qual o papa Alexandre III designava pela primeira vez D. Afonso Henriques rei a ao qual dava o direito de conquistar terras aos Mouros sobre as quais outros príncipes cristãos não tivessem direitos anteriores;
- Pacificação interna do reino e alargamento do território através de conquistas aos Mouros – o limite sul estabelecido para o condado portucalense – e assim Leiria em 1135, Santarém e Lisboa em 1147 – quer mesmo para além deste, sempre que isso não viesse originar conflitos com o Imperador – e assim Almada e Palmela em 1147, Alcácer em 1160 e quase todo o Alentejo (que posteriormente foi de novo recuperado pelos Mouros).
