Santa Cecilia cuenta también con un museo. En él se exhiben esculturas de la época, la mayoría de las cuales no proceden de Acatitlán. Algunas de estas piezas poseen una gran importancia, como los portaestandartes, representaciones del dios Tláloc, esculturas de Chac Mool y piezas con inscripciones calendáricas.

Entre las esculturas de Santa Cecilia se encuentran: la cabeza de un guerrero, que posiblemente formó parte de un monumental portaestandarte; la representación de Ehécatl —Quetzalcóatl como dios del Viento; el fragmento de una cabeza de culebra, posiblemente del Coatepec, y lo que fue un elemento común en los sitios mexicas: el tzompantli o muro de cráneos, donde se colocaban las cabezas de los enemigos decapitados.


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