Calixtlahuaca fue uno de los asentamientos más importantes en el valle de Toluca o Matalcingo; su nombre en lengua náhuatl significa "Lugar de casas en la llanura", proviene de ixtlahuatl, "llanura" y calli "casa". Este nombre se lo dieron los mexicas en alusión a la cantidad de poblados que conformaban el área del asentamiento matlatzinca, dichos poblados se ubicaban sobre la llanura que se extiende hacia el norte de la zona arqueológica.

Fray Bernardino de Sahagún menciona que los matlatzincas fueron llamados así porque el término alude a la habilidad y los usos que le dieron a la red; en náhuatl dicha denominación significa "gente de la red".