Calixtlahuaca fue uno de los sitios matiatzincas más importantes del Valle de Toluca o Matilcingo. Su nombre en lengua náhuatl significa "lugar de casas en la llanura". Fue dado por los Mexicas haciendo alusión a la gran cantidad de poblados que conformaban el área de asentamiento matlatzinca. Durante la época agricola aldeana (Preclásico, 1000 a.C], sus habitantes ocuparon básicamente la parte baja del Valle" los vestigios arqueológicos indican que vivían en casas de materiales perecederos agrupadas en pequeñas aldeas. Esta población mantenía, entonces, relaciones con grupos de la Cuenca de México.

Posteriormente, recibió la influencia cultural de Teotihuacán, seguramente a través del comercio. Vasijas y figurillas de esta época son de estilo teotihuacano; se adoptaron también algunas costumbres y ritos de la gran urbe como el juego de pelota, el entierro de los muertos, el culto a Tlaloc, a Quetzalcóatil a otros dioses. A la caída de Teotihuacán, cobraron importancia los asentamientos desarrollados bajo su influencia y surgieron como nuevos núcleos de poder Calixtlahuaca, Tecaxic, Teotenango y Calimaya, entre otros. Durante este periodo, llegaron también grupos Chichimecas del Norte que, al fusionarse con los grupos locales, dieron lugar a una cultura distinta. El tipo de cerámica que se elaboró entonces fue el conocido como Coyatletelco, caracterizado por una decoración con motivos pintados en color rojo sobre una base café. Esta cerámica dio inicio, a su vez al estilo Matlatzinca.

Hacia 1474, los Mexicas al mando de Axayácatl conquistaron Calixtlahuaca, entre otros grandes centros del Valle de Toluca; impusieron su lengua y su cultura y edificaron nuevas construcciones que se anexaron a las anteriores. Los Matlatzincas se rebelaron en repetidas ocasiones hasta que Moctezuma Xocoyotzin ordenó quemar los templos en señal de victoria.