Wagenborgen ligt op de grens van drie oude landschappen: Duurswold, Fivelingo en het Oldambt.
Het dorp hoort bij de gemeente Delfzijl. Tot 1990 was Wagenborgen de grootste woonkern in de toenmalige gemeente Termunten.
Wagenborgen werd in de 11e eeuw gesticht op een zandrug die qua vorm het aanzien heeft van een wierde.
Het dorp was lange tijd een agrarisch dorp. In 1873 werd door Jan, Wolter en Trijntje Brons de grondslag gelegd
voor het psychiatrisch ziekenhuis Groot Bronswijk, dat lange tijd een apart dorp binnen Wagenborgen vormde
en het dorp een compleet ander aanzien gaf. Vanaf de jaren '80 werden de patiënten meer en meer elders ondergebracht.
Tenslotte werd wat overbleef in 2006 gesloten, vrijwel alle gebouwen zijn kort erna gesloopt.