In 1941 werd Sihanouk door de Franse koloniale overheid in Cambodja aangesteld als koning (uitsluitend van het Cambodjaanse deel de Unie van Indochina). Hij werd door de Franse Résident Supérieur beschouwd als een tegenwicht voor de ontluikende nationalistische beweging onder Son Ngoc Thanh. Deze laatste trachtte eventueel met behulp van Japan het koloniale juk af te schudden. Na de oorlog zette koning Norodom de samenwerking voort, doch toen het tij voor de Fransen in de Indochinese Oorlog begon te keren, drong hij aan op onafhankelijkheid van Cambodja. In oktober 1953 werd Cambodja een onafhankelijk koninkrijk. In 1955 trad Sihanouk als koning af ten gunste van zijn vader, Norodom Suramarit.
Oorlog en terreur

Tijdens de Vietnamoorlog werden er ook veel gevechten geleverd in Cambodja. De Verenigde Staten bombardeerden het platteland. Hierdoor trokken er veel vluchtelingen naar de stad.

In 1975 was de bevolking opgelopen tot meer dan 2.000.000. Op 17 april, het Cambodjaanse nieuwjaar, viel de stad en werd zij bezet door strijders van de Rode Khmer. De stad werd hierna met harde hand geheel ontruimd. De bewoners werden naar boerderijen op het platteland gestuurd om nieuwe mensen te worden. De Tuol Svay Prey hogeschool werd veranderd in de gevangenis Tuol Sleng (S-21). Deze gevangenis is nu het Tuol Sleng-museum en is net als Choeung Ek, 15 kilometer buiten de stad, een herinnering aan diegenen die vermoord zijn door de Rode Khmer.
Wederopbouw

De Rode Khmer werden door de Vietnamezen uit Phnom Penh verdreven in het begin van 1979. De mensen begonnen hierna terug te keren naar hun huizen. Een periode van wederopbouw begon die eerst maar langzaam ging door de politieke instabiliteit in het land. Tegen 1998 had Phnom Penh een bevolking van 862.000 inwoners.