Vanaf het najaar van 1942 werd het kamp gebruikt als vernietigingskamp voor Joden. De eerste transporten met Joden kwamen uit Slowakije en het Protectoraat Bohemen en Moravië. Daarna arriveerden er meer Joden uit Polen, Duitsland, Oostenrijk, Frankrijk, Nederland en Griekenland. In Majdanek zaten zo'n 6.000 Nederlandse Joden gevangen.

Aanvankelijk werden de slachtoffers in een nabijgelegen bos geëxecuteerd, waar ze vervolgens in massagraven begraven werden. Later ging men over op vergassen, maar ook executies (met de kogel en door ophanging) bleven in gebruik. In de gaskamers werden de gevangenen eerst met koolmonoxide en later met Zyklon B gedood. Hun bezittingen - en zelfs hun haar - werden verkocht. Van het haar van de vrouwelijke gevangenen werd stof gemaakt voor onder andere dekens en rugzakken. Andere gevangenen kwamen om van de honger, door ziekte, werden opgehangen of doodgeschoten. Op 3 november 1943 werden op één dag tussen 16.000 en 18.000 Joden doodgeschoten. Deze slachtpartij vond plaats als vergelding voor opstanden in de Joodse getto's en Sobibór en Treblinka. De nazi's waren bang dat deze opstanden over zouden slaan naar Majdanek en besloten daarom de vernietiging van de Joden in het district van Lublin te bespoedigen. De slachtpartij werd door de nazi's Aktion Erntefest genoemd. Aktion Erntefest kostte aan 42.000 Joden het leven. De slachtoffers werden begraven in massagraven die ze zelf hadden moeten graven.

Zyklon B
Blikken met Zyklon B

Zyklon B was de handelsnaam van een pesticide dat uiteindelijk door nazi-Duitsland gebruikt werd in een aantal gaskamers tijdens de Holocaust. De naam is afgeleid van het Duitse woord voor cycloon (tropische wervelstorm).

De substantie bestond uit pellets of schijfjes houtpulp of diatomeeënaarde die geïmpregneerd waren met waterstofcyanide (blauwzuur), een stabilisator en een waarschuwende geurstof ethylbroomacetaat. Blauwzuur is een zeer vluchtige vloeistof met een kookpunt van 25,6°C. Het ruikt wel enigszins naar amandelen, maar niet sterk genoeg om erop te kunnen vertrouwen dat het geroken wordt voor het fataal is. De pellets gaven, zodra ze aan de open lucht blootgesteld werden, het blauwzuur af als damp. Blauwzuur verdampt ongeveer even gemakkelijk als di-ethylether. De functie van de korrels bestond eruit het gif hanteerbaar en makkelijker doseerbaar te maken. Het was voor de oorlog al jaren leverbaar als bestrijdingsmiddel, te gebruiken tegen veel soorten ongedierte in woningen en werd toegepast door de woning zo luchtdicht mogelijk af te sluiten en dan het product in iedere kamer te verspreiden waarna het personeel (dat gasmaskers droeg) de woning zo snel mogelijk verliet.

Zyklon B wordt na het einde van de Tweede Wereldoorlog geproduceerd en verkocht onder de handelsnaam Cyanosil.[1]