Fish River Canyon is ontstaan door de eroderende werking van de Fish River in het rotslandschap. Na miljoenen jaren is er zo een 161 kilometer lange kloof ontstaan die op sommige plaatsen een breedte bereikt van 27 kilometer en een diepte van 550 meter. Volgens de legende van de San is de kloof ontstaan toen de slang Kouteig Kooru zich op de vlucht voor jagers in de woestijn terugtrok en zo diepe sporen in het landschap achterliet.