Uma terceira fase, até 1770, é marcada por uma grande crise económica e, até final do reinado, assiste-se à política de fomento industrial e ultramarino e à queda económica das companhias monopolistas brasileiras.
Todo o reinado é caracterizado pela criação de instituições, especialmente no campo económico e educativo, no sentido de adaptar o País às grandes transformações que se tinham operado. Funda-se a Real Junta do Comércio, o Erário Régio, a Real Mesa Censória; reforma-se o ensino superior, cria-se o ensino secundário (Colégio dos Nobres, Aula do Comércio) e o primário (mestres régios); reorganiza-se o exército. Em matéria de política externa, D. José conservou a política de neutralidade adotada por seu pai. De notar ainda, o corte de relações com a Santa Sé, que durou 10 anos.
