Pelo decreto de 1496 obriga todos os judeus que não se quisessem batizar a abandonar o país no prazo de dez meses, sob pena de confisco e morte. Pela lei de 4 de Maio de 1497, proibiu que se indagasse das crenças dos novos convertidos e, por alvará de 1499, dificulta a saída do reino aos conversos. O objetivo era agradar aos Reis Católicos e ao mesmo tempo, evitar que os judeus continuassem a ser um todo independente dentro do reino. Pelas Ordenações Afonsinas, deixa de reconhecer individualidade jurídica aos Judeus; faz a reforma dos forais, com o fito económico de atualizar os encargos tributários e para eliminar a vida local; em 1502 saiu o regimento dos oficiais das cidades, vilas e lugares (Livro dos Ofícios); em 1509 o das Casas da Índia e Mina e em 1512 saiu o novo regimento de sisas. Por outro lado com D. Manuel inaugura-se o Estado burocrático e mercantilista, mandando cunhar índios, o português ou escudo de prata.
