El 21 de septiembre, el ejército de Hidalgo y Allende capturó Celaya, por lo que Hidalgo fue nombrado capitán general del Ejército Libertador e Ignacio Allende fue ascendido a teniente general. El obispo electo de Michoacán publicó un edicto el 24 de septiembre en el que eran excomulgados Hidalgo, Allende, Aldama y Abasolo. Seguidamente tomó las ciudades de Salamanca, Irapuato y Silao, hasta llegar a Guanajuato.

El 17 de noviembre Hidalgo se encaminó hacia Valladolid con siete mil hombres de caballería y doscientos cuarenta infantes, todos mal armados, entrando el 26 en Guadalajara, pero no logró llegar a la ciudad de México. En Guadalajara, Hidalgo expidió una declaración de independencia y formó un gobierno provisional; además decretó la abolición de la esclavitud, la supresión de los tributos pagados por los indígenas a la Corona y la restitución de las tierras usurpadas por las haciendas. A finales de año había perdido ya Guanajuato y Valladolid.

El 11 de enero de 1811 fue derrotado cerca de Guadalajara por un contingente de soldados realistas. Hidalgo huyó hacia Aguascalientes y Zacatecas, con la intención de llegar a Estados Unidos para buscar apoyos a su causa, pero fue traicionado por Ignacio Elizondo y capturado en las Norias de Acatita de Baján el 21 de mayo de 1811. Conducido a Chihuahua, Hidalgo fue juzgado en consejo de guerra y condenado a muerte. Lo degradaron como sacerdote y lo fusilaron en la mañana del 30 de julio de 1811. Su cabeza, junto con la de Allende y otros insurgentes, se exhibió como castigo en la alhóndiga de Granaditas de Guanajuato.

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