Une nouvelle église, qui est toujours debout, a été construite en 1768 à partir de calcaire local et du stuc de couleur vive.. Les terres de la Mission ont été cédées à ses Indiens en 1794 et les activités de la Mission ont officiellement pris fin en 1824. Après cela, les bâtiments abritèrent des soldats, des sans-abri et des bandits.
La coupole et le toit de l'église de la Mission San José se sont effondrés en 1874 et son clocher est tombé en 1928. Heureusement, dans les années 1930, la Works Progress Administration l’a presque entièrement restaurés dans sa conception originale.
À partir de 1933, l’Administration des travaux publics puis l’Administration des travaux en cours ont fourni le travail nécessaire pour reconstruire et restaurer les terrains de la Mission. Une partie du financement de la restauration provenait des fonds alloués par les États-Unis à la Texas Centennial Exposition tenue à Dallas en 1936. Les murs de la Mission et le quartier indien furent reconstruits et le grenier restauré.
En 2011, des rénovations ont été achevées.
Sur la partie supérieure de la façade de l’église, ont été sculptées une croix représentant Jésus-Christ, Saint Joseph (San José) tenant l’enfant Jésus, Saint Dominique et Saint François, Notre-Dame de Guadalupe (la Vierge Marie) et Saint Joachim et Sainte Anne tenant l'enfant Marie.
La Mission San José fait maintenant partie du parc historique national des Missions de San Antonio. En 2015, avec Alamo et la Mission Concepcion, cette organisation est devenue l'une des cinq Missions de San Antonio désignées comme site du patrimoine mondial par l'Organisation des Nations Unies pour l'éducation, la science et la culture .
Aujourd'hui, la Mission est une paroisse active et est composée de l'Ordre des Frères Mineurs.
Mission San José
San Antonio, Texas, USA