Da atividade global do seu reinado, deveremos destacar o esforço efetuado na reorganização do aparelho militar - reparação das fortalezas das linhas defensivas fronteiriças, fortalecimento das guarnições, defesa do Alentejo e Beira e obtenção de material e reforços no estrangeiro; a intensa e inteligente atividade diplomática junto das cortes da Europa, no sentido de obter apoio militar e financeiro, negociar tratados de paz ou de tréguas e conseguir o reconhecimento da Restauração; a ação desenvolvida para a reconquista do império ultramarino, no Brasil e em África; a alta visão na escolha dos colaboradores; enfim, o trabalho feito no campo administrativo e legislativo, procurando impor a presença da dinastia nova.
Quando morreu, o reino não estava ainda em segurança absoluta, mas D. João IV tinha-lhe construído umas bases suficientemente sólidas para vencer a crise. Sucedeu-lhe D. Afonso VI, seu segundo filho.
